בתחילת יוני 1948 תבעו קציני הלגיון העבר ירדני שחייליהם חנו ברמלה ולוד, שהיו אז בשליטה ערבית, מבן שמן להיכנע. התשובה שניתנה להם היתה חד משמעית: בן שמן לא יתפנה. באותה עת הוקם גדוד חשמונאים של צה"ל הצעיר, שכלל את הפלוגה הדתית, התלמידים הבוגרים של בן שמן ומגוייסים שרובם עולים חדשים.
המצור על בן שמן הוסר במבצע דני, שהיה אחד המבצעים הגדולים של מלחמת העצמאות. המבצע נערך עם סיום ההפוגה הראשונה, בין התאריכים 9-19 ביולי 1948, בתקופה המוכרת כקרבות עשרת הימים. היה זה המבצע הגדול ביותר עד אז ולקראתו רוכז כוח של כארבע חטיבות. במהלך המבצע נכבשו לוד ורמלה, הוסר איום הלגיון הערבי על איזור תל אביב ונכבשו עשרות כפרים ערביים. כ-50,000 ערבים נמלטו מהשטח שבידי ישראל. כן הורחב הפרוזדור לירושלים. המבצע נקרא על שמו של מפקד "מחלקת ההר", דני מס. מאחר שבשלב שני של המבצע תוכנן לכבוש גם את לטרון ורמאללה מוכר מבצע דני גם כמבצע לרל"ר (לוד-רמלה, לטרון-רמאללה). הכוחות שנטלו חלק במבצע הם חטיבת "הראל" בפיקוד יוסף טבנקין, חטיבת "יפתח" בפיקוד מולה כהן, והחטיבה המשוריינת בפיקוד יצחק שדה (שכללה גדוד טנקים ואת גדוד הקומנדו של משה דיין). לחטיבות אלה נוספו גדוד מחטיבת "קריתי" וגדוד מחטיבת "אלכסנדרוני" ועוד כוחות חי"ם. למפקד המבצע מונה יגאל אלון, שהפך את מפקדת פלמ"ח למטה המבצע. תוכנן כי ממזרח לשער הגיא תפעל חטיבת "הראל" וממערב יפעלו שאר הכוחות, שפוצלו לשתי זרועות. "יפתח" כזרוע דרומית, תגיע לבן שמן הנצורה. החטיבה המשוריינת תגיע לבן שמן מצפון, לאחר כיבוש נמל התעופה וכפרים שונים. לאחר המפגש ייכבשו לוד ורמלה ."יפתח" הצליחה לחבור לבן-שמן ב-10 ביולי, לאחר שכבשה את הכפרים גימזו, עינאבה ודניאל. גדוד הטנקים של הזרוע הצפונית כבש את נמל התעופה לוד, את וילהלמה, רנטיה, טירה ויהודיה. קולה נכבשה לאחר קרב קשה. קרבות עזים התנהלו בדיר-טריף. מקום זה נכבש, אך בהתקפת נגד של הלגיון נהדף צה"ל מהמקום. את דיר-טריף כבש שוב למחרת היום גדוד הקומנדו. הזרוע הצפונית חברה עם בן שמן רק ב-11 ביולי. את ההתקפה על לוד החלה "יפתח", שנאחזה במבואות המזרחיים. לוד נפלה רק לאחר שגדוד הקומנדו (גדוד 89) פרץ לעיר וחלף על פניה, ממטיר אש לכל עבר. פשיטה זו נמשכה 47 דקות (במהלכה היו לגדוד 9 הרוגים ו- 17 פצועים). הדבר איפשר ל"יפתח" להשתלט על העיר. לוד נכנעה ב-12 ביולי.